肠道腺瘤的时空基因组分析揭示胃癌进展的克隆动态

发表信息

文章发表时间：2023年12月

期刊名称：《癌细胞》影响因子：5.03

实验平台：单细胞测序、GeoMx DSP、全外显子测序（WES）、大规模RNA测序

检测面板：定制胃癌基因面板（277个基因，来源于TCGA及其他研究中报道的胃、食道和结直肠癌相关突变基因）

样本信息

①患者信息：来自2980名年龄在50岁以上的中国患者

②时间跨度：2004年至2015年

③取样区域：多个胃部区域（幽门、胃体、贲门）

单细胞空间组学的应用

在单细胞测序方面，首先对10名非癌症受试者进行scRNA-seq分析，识别出四个主要细胞类型，包括胃细胞群、肠道细胞群、免疫细胞群和基质细胞群。研究重点在于胃和肠道谱系，进一步进行了子群注释，确定了两种胃细胞和四种肠细胞。细胞比例分析显示，肠道细胞和胃细胞比例的下降与肠道腺化的严重程度相关。此外，SOX9基因在特定细胞类型（如胃LYZ+细胞和肠道干细胞）中的表达上升，被认为是病理进展的关键因素。

GeoMx DSP 分析结果

在分析GeoMx DSP时，选择8名胃癌患者的组织切片进行检测，结合scRNA-seq数据确定细胞类型的空间分布。每个腺化区被标记为“干细胞显性”或“肠细胞显性”。富集分析结果显示，干细胞显性腺化区超表达了氧化磷酸化基因集，并且在胃癌区域同样显著表达。通过对肠道干细胞和肠细胞标记物进行层次聚类，发现干细胞显性腺化与恶性细胞类型具有相似的表达特征，而肠细胞主导型腺化则表现出显著的异质性，提示即便在同一患者中，腺化现象也存在明显的细胞变异。

研究总结

本研究通过结合单细胞空间数据分析，揭示了肠道细胞、胃细胞与腺化严重程度之间的关联。干细胞显性腺化展现出与恶性细胞群相似的表达模式，其中SOX9在特定细胞中高表达。这一发现具有重要的临床意义或将为胃癌的早期诊断和治疗提供新的生物标志物。

对于追求生物医学前沿技术的研究者而言，人生就是博-尊龙凯时致力于推动科学研究与实际应用的结合，欢迎共同探索更多关于肠道腺化与胃癌进展的潜在机制与临床转化。